Ennio Morlotti, uno dei principali protagonisti della vicenda artistica italiana ed europea del secondo Novecento, è nato a Lecco, il 21 settembre 1910 in una famiglia dove il padre era invalido di guerra e la madre faceva la maestra.

Vissuta la prima infanzia scolare in collegio, dove per altro eccelleva nello studio, cominciò nel 1923 a lavorare come contabile in un oleificio, quindi fino al 1936 come impiegato in un colorificio e operaio in una fabbrica meccanica. Nonostante le dure condizioni di vita di quegli anni, si dedicava allo studio dell'arte antica nelle chiese e nei musei, interessandosi anche di arte contemporanea, sino a conseguire da privatista la maturità artistica a Brera. Licenziatosi dalla fabbrica si trasferì a Firenze e si iscrisse all'Accademia dove, seguito da Felice Carena, si diplomò con una tesi su Giotto, ottenendo il massimo dei voti.

Nel 1937, grazie agli introiti giunti dalla vendita di tre quadri esposti in occasione di un concorso per il paesaggio lecchese, effettuò un viaggio a Parigi dove entrò in contatto con le opere originali degli amati Cézanne e Picasso.

Nel 1940 entrò nel gruppo di Corrente che si ispirava alla rivista universitaria "Corrente di vita giovanile", diretta da Ernesto Treccani, seguendone l'orientamento espressionistico francese, da Van Gogh fino ai Fauves. Nel 1945 si sposò con Anna e l'anno seguente si iscrisse al partito comunista al quale aderì per sei mesi; fu questo un anno difficile sul piano economico ma proficuo sul piano culturale, poiché firmò il Manifesto del Realismo, aderì al Fronte Nuovo delle Arti ed effettuò la sua prima mostra personale alla galleria 'II Camino' di Milano.
In quell'anno, grazie alla borsa di studio fattagli avere da Lionello Venturi, avrebbe potuto risiedere a Parigi per due anni assieme a Renato Birolli, ma dopo due mesi rientrò a Milano poiché non riusciva a dipingere; nonostante ciò aveva conosciuto e visitato lo studio di Picasso, aveva incontrato Braque, Dominguez, De Stäel, Sartre e Camus.

E' poi subito dopo la XXIV Biennale di Venezia (1948), dove espose assieme a tutti gli artisti del Fronte Nuovo delle Arti, che si definì la posizione di Morlotti, il quale assieme a Birolli si staccò dai componenti "realisti" del gruppo.
E' proprio negli anni '50 che produsse alcune tra le opere capitali dell'arte informale, non solo italiana, ma anche europea, sicuramente collegate all'esperienza sublime di autori quali Wols, Fautrier, De Stäel, ma anche Pollock e De Kooning.

La Biennale ospitò numerose volte le sue opere, nel 1950, nel 1952 assieme al Gruppo degli Otto, nel 1954 con una sala presentata da Giovanni Testori (distruggendo le opere esposte subito dopo), nel 1962 vincendo il premio (ex equo con Capogrossi) riservato ad un artista italiano, nel 1964 all'interno della sezione "Arte d'oggi nei musei", nel 1972 con una sala personale, nel 1988 con un'altra personale nel padiglione dedicato all'Italia e nella sezione dedicata alla rassegna "Il Fronte nuovo delle Arti alla Biennale del 1948".
Nel 1986 e nel 1992 viene invitato alla Quadriennale Nazionale d'Arte a Roma. Le più importanti mostre complessive dell'ultimo decennio, sono quelle del 1987 a Locarno a Milano, e del 1994 a Ferrara, effettuata dopo la morte, avvenuta il 15 dicembre 1992 a Milano.